哲别对身边的一名千户长说，你带领你的千人队，在城内寻找一些马车，押解图儿罕太后和这些嫔妃、公主回撒马尔罕，交由成吉思汗处置，并面呈我军军报。至于这一百余名侍女，除了给我和速不台各留两个之外，其余的全部赏赐给副千户长以上的将领为妾，照顾他们的饮食起居。
该千户长领命而去。
图儿罕等人被押解走后，哲别召来可疾云城长官之子说，我任命你为哈伦堡长官，我军将在哈伦堡休整一些日子，这段日子，你就负责训练哈伦堡守军吧。
可疾云城长官之子兴奋说，谢哲别大人！
之后，哲别偏军驻扎于哈伦堡，一边休整，一边派出哨探打听阿拉丁等人行踪。
一千名蒙古骑兵押解乘有图儿罕太后和阿拉丁摩诃末苏丹的嫔妃、公主的五辆马车，取直道行军十余日，历程两千余里，来到撒马尔罕。
攻克撒马尔罕后，成吉思汗率领四万骑兵、两万攻城步兵、一万重兵器车兵和工匠兵、一万后勤步兵，继续驻扎于撒马尔罕，一边恢复生产、维持秩序，一边派出若干支小部队到附近城池收降城内守军和百姓。
成吉思汗为什么继续留于撒马尔罕，还有一个原因，就是等候长春真人丘处机的到来。之前刘仲禄来了一封奏折，说邱处机在今年开春就带着十八名弟子，从山东莱州“昊天”观启程，和他们一起西进。
此时成吉思汗刚刚攻下撒马尔罕，他给刘仲禄回了封信，说在撒马尔罕等他们。
在撒马尔罕的这三个多月里，年近六十的成吉思汗还是保持着壮年时期的生活状态。每天凌晨卯时初刻起来吃了早饭后，带着留守撒马尔罕的蒙古骑兵到附近训练、狩猎，一个时辰后返回城内，召集城内官员开会研究军务政务。吃了午饭后，成吉思汗一般是在耶律楚才的协助下处理各地呈报的奏折，或者到城内巡视。晚上则是一天最放松的时刻，成吉思汗会邀约官员喝酒吃肉。到了亥时则在忽兰妃的侍寝下休息。
一日下午，成吉思汗正在由原来的花剌子模王宫改建的行宫内批阅奏折。有侍卫来报，哲别元帅从前方送来奏折，他还派了一千骑兵押送二十余名战俘，正在宫外等候。
成吉思汗打开奏折。哲别在奏折里说，成吉思汗，臣和速不台率领一支偏军追击阿拉丁摩诃末苏丹，沿途征服了一些城池，但臣没有更多的兵力把守，还请成吉思汗派兵来接管这些城池，臣这次派来一千骑兵，他们可以为大军主力充当向导。在追击的过程中，臣和花剌子模军队多次交锋，斩杀其二十余万人，其中花剌子模骑兵不下五万人，但臣也折损不少将士，包括蒙古骑兵数千人，为了保证顺利追击阿拉丁，请成吉思汗再给臣增派一些骑兵，步兵臣可以自己解决。另外，臣在攻陷哈伦堡时，俘虏了花剌子模太后图儿罕以及阿拉丁的十四名嫔妃、十六名王子、十八名公主，十六名王子已被臣当场斩杀，图儿罕太后及阿拉丁的嫔妃和公主臣将她们押送至撒马尔罕，请成吉思汗处置。
成吉思汗看完奏折，对侍卫说，多调些侍卫，把那些俘虏押上来。