清信郡王铎尼，因朱由榔已奔缅甸，奏捷北京，得旨令大军回朝，留吴三桂镇守云南，封吴三桂妻为福晋，命其子吴应熊在京供职。
顺治帝以荡平云、贵，方拟郊迎功臣，饮至策赏，不料江南警报，纷纷递到，顺治帝忙召满廷文武，商议退敌，便道：“朕即位十数年，南征北讨，没有一日安息，现闻云、贵已捷，明宗垂尽，朕道是舆图一统，得享承平，不料这个郑成功，又来作祟，江南四府三州二十二县，都报失守，南京危在旦夕，看来还不能安枕。朕想做皇帝很没趣味，倒不如做个和尚，象西藏的达赖、班禅，安闲也安闲，尊荣也尊荣，岂不快活自在么？”
当时文武百官都跪奏道：“天子英武圣明，古今无两，区区小丑，何庸过劳圣虑。”
顺治帝道：“朕拟简率六师，自去亲征，除绝逆众，然后择个安静地方，去享清福。明日各大臣，随朕至南苑阅师，不得有误！”
文武百官，齐声遵旨而出。次日，各官云集南苑，恭候御驾，到了时候，御驾已至，两旁文武站立，至顺治帝登座，个个请过了安。待顺治帝阅师完毕，适兵部尚书急奏，奏上说江南总督郎廷佐拜发，称崇明总兵梁化凤，已击退郑成功。斩其将甘辉等，镇江、瓜州俱已克复。
顺治大喜，命梁化凤为江南提督，并授内大臣达素为安南将军，会同闽、浙总督李率泰进击厦门，务绝根株。旨下，文武百官，又皆叩贺，随即退朝。
这件事还要从郑成功中了郎廷佐的缓兵之计说起。清顺治十六年、明永历十三年（1659年）七月，郑成功率军北伐，连舟蔽江，号百万，陷镇江、瓜洲，直逼江宁（今江苏南京）。两江总督郎廷佐致书郑成功，称愿献城池，惟城内人心不一，须要慢慢劝导，限期半月，方可献纳。郑成功甚喜，即批回照准。
其实郎廷佐的书信，乃是缓兵之计，他已闻得云、贵获胜，朱由榔远遁，清兵可自西返东，来援南京，因此托词献城，宽延时日。郑成功信了郎廷佐，就此按兵不攻。
郎廷佐恰飞檄调兵，梁化凤即奉檄往援。两边相持数日，梁化凤登高望敌，遥见敌营不整，樵苏四出，军士都在后湖嬉游，便禀明郎廷佐，趁夜袭营。梁化凤率五百骑夜出神策门，破白土山敌垒。明日，督兵出仪凤门，提督管效忠出钟阜门，夹击搏战，毁其木寨。前锋余新仓卒起来，不及持械，被梁化凤活捉。
郑成功闻报，忙率军相救，梁化凤已自入城，无从夺回余新。郑成功因郎廷佐失信，令甘辉守营，自出江上调发水师，夹攻南京。
不料成功去后，清兵倾城而出，清总管喀喀木等出神策门，直攻白土山，督将士仰击，寇迎拒，殊死战。甘辉率军上前拦阻，两下酣战，胜负未分。突闻营后射入铳炮，后队不战先乱。甘辉前后受敌，只自死战不退，无奈部将多已逃走，仅剩数百残兵，东冲西突，清兵执着长枪，四面攒聚，甘辉尚竭力招架，无如马已被搠，蹶倒前蹄，甘辉坠地被俘。
郑成功军士气低落，纷纷溃逃。迫江上，梁化凤先遣别将焚其舟，郑成功兵自蹂藉及入江死者无算。郑成功遁入海，梁化凤料到郑成功会还攻崇明，先遣别将为备。郑成功出海攻崇明，梁化凤自江宁还援。郑成功度不能克，括民舟将渡白茅口，梁化凤与相值，绝流迅击，炮石荡海波，郑成功复大败，遂扬帆出海，逃回厦门。此站郑军损兵折将，甘辉俘后被杀，万礼、林胜、陈魁、张英等大将皆战死。
此时张煌言正收复徽州，闻郑成功在南京城下兵败而退回海上的消息。致使张煌言所率义军处于进退维谷、腹背受敌的危险处境，很快遭致郎廷佐军袭击。
清两江总督郎廷佐一方面调遣水军切断张煌言义军东退的水路，另一方面又写信向张煌言劝降。张煌言对招降书“拒不应”，同时，为摆脱困境，又率“余兵道繁昌，谋入鄱阳湖”，向江西发展。当船队进抵铜陵时，却与湖广来援的大批清军水师遭遇，与之激战而败退。最后，张煌言“抚残兵仅数百，退次无为，焚舟登陆”。
又从陆路自桐城，取道霍山、英山，到达东溪岭时，适逢清军“追骑至，从者尽散”。张煌言好不容易才突围而出，只得“变服夜行，至高浒埠，有父老识之，匿于家数日，导使出间道，渡江走建德、祁门乱山间”。
此时张煌言身染疟疾发作，几不能行，但他仍不顾病痛，奋力疾行。到达休宁后，“得舟下严州”。登岸后，又复行山路，途经浙江的东阳、义乌“至天台达海”。历尽千难万险，兵败后绕道潜行二千余里，九死一生，终于回到了浙江沿海地区。此后，他“收集旧部”，准备东山再起。
郑成功得到张煌言生还的消息后，也将自己的部分兵力拨归他统辖，致使军队稍有壮大。张煌言将军队屯驻长亭乡，“筑塘扞潮，辟田以赡军”需军饷。同时，张煌言又派遣使者向朱由榔禀告自己兵败的消息。朱由榔得悉后，在敕书中表示安抚慰问的同时，又给他“加兵部尚书”的职衔。
1660年（清顺治十七年，明永历十四年），郑成功在福建海门港（今龙海东）歼灭清将达素所率水师四万余人，取得厦门战役的胜利，再度重振声威。