明永历三年、清顺治六年（1649年1月30日），在伦敦白厅前的广场上，人山人海，大家怀着兴奋的心情，观看暴君查理一世被处死。查理一世是英国王詹姆斯一世的儿子。詹姆斯一世是个极力宣扬君权神授的家伙，他声称国王是上帝派到世间的最高权威，有无限的权力。
1625年，詹姆斯一世病死，查理一世继位。他比詹姆斯一世更加专横，为了扩充常备军和解决财政困难，他召开国会，国会未能满足他的要求，他于1629年干脆解散国会，在没有国会的统治时期，他一意孤行，实施了许多反动措施。他不仅征收未经国会批准的关税，还巧立名目、创立新税，颁布各种罚款条例。封建专制政府毫无节制地扩大工商业专卖权、垄断市场，造成工商业萧条和物价上涨。
他的这一举措不仅加深了财政危机，更加剧了皇室与资产阶级的矛盾，民怨沸腾，革命情绪日益高涨、先后爆发了苏格兰人起义和爱尔兰民族起义。为了解决国内的政治危机，他被迫召开停止了11年的国会，国会仍然拒绝他的要求，他便下令逮捕下院激进派议员，于是，国会和国王彻底决裂。1642年，查理一世宣布讨伐国会，第一次内战开始，在克伦威尔的领导下，1646年国会军打败王军，查理一世逃到苏格兰。苏格兰人以十万英磅的代价，将查理一世卖给英国国会。
1647年11月，查理一世在长老会的帮助下逃出监护所，与苏格兰国会及长老会密谋、策应王军暴动，于是爆发了第二次内战。在克伦威尔的指挥下，国会军粉碎了苏格兰王军，平定了各地王军叛乱。在广大人民的压力下，国会与军队共同组织了特别法庭审判查理一世，1649年1月27日，法庭判处查理一世死刑。它标志着英国封建专制的结束，资产阶级共和国时代的开始。
1649年2月，英吉利宣布为共和国，成立了克伦威尔为首的护国政府，护国政府的重要使命之一就是对外消除外国竞争者，使资产阶级的英国变成称霸世界的海上商业强国。
此时南明方面在何腾蛟殉国、朱由榔奔赴南宁后，瞿式耜还在陆续收复靖州、沅州、武冈、室庆等府县。无奈南明里争权夺利，猜忌倾轧，甚至企图牵制瞿式耜，部队又长期战斗。得不到休整，大大削弱了战斗力。
清恭顺王孔有德，已转战南下，克衡、永各州，进逼桂林。
至1650年（顺治七年、永历四年）正月，南雄被清兵攻破。不久全州再度陷落，严关失守，前线溃退下来的官军，沿途掳掠，秩序大乱。式耜檄诸将出战，驻城将领皆不战而逃。瞿式耜气愤到极点，捶胸顿足道：“国家把高官厚禄给这些人，现在这般行径，实在可耻！”他的侍从武官备马请他出城暂，劝他说：”大人是国家栋梁，一身关系国家安危，突围出去，还可号召四方爱国志士，再干大事。二公子（瞿玄销）经历千难万苦，从常熟赶来看大人，只需暂避一下，父子就能见面了。”瞿式耜挥挥手道：”我是留守，我没有守好这个地方，对不起国家，还顾什么子女！”并整整衣冠，端坐在衙门里。
桂林城中，至无一兵，只有明兵部张同敞，自灵州来见。张同敞，字别山，张居正曾孙，任兵部侍郎、总督广西各路兵马兼督抗清军任务，又因其“诗文千言，援笔立就”永历帝朱由榔授予翰林院侍读学士，曾拜瞿式耜为师。
张同敞平时十分敬重瞿式耜，立即泅水过江，赶到留守衙门，见瞿式耜说：”形势这么危急，你怎么办?”
瞿式耜道，“我是留守，有责任守好这地方，‘城存与存，城亡与亡’，今天，为国家而死，死得光明磊落，你不是留守，为什么不走”？
张同敞听了道：“要死，就一起死，老师，你难道不允许我和你一起殉难吗？”说罢就在旁边椅子上坐下来，和瞿式耜一起饮酒。
至天明，清兵已入城，有清将进瞿式耜室，瞿式耜从容道：“我两人待死已久，汝等既来，正好同去，”至清营，危坐地上。
这次攻陷桂林的是清定南王孔有德，是原明朝登州守将。他一心想收降瞿式耜。曾写信劝降，瞿式耜”焚书斩使”，作了明确答复。这次听到瞿式耜被俘，很是高兴，看到瞿式耜进来，孔有德道：“崇祯殉难，大清国为明复仇，葬祭成礼，人事如此，天意可知。阁部毋再固执。我掌兵马，阁部掌粮饷，与前朝一辙，您看如何？”
瞿式耜道：“我是明朝大臣，焉肯与你共职？”
孔有德道：“我本先圣后裔，时势所迫，以致于此。”
张同敞接口大骂道：“你不过毛文龙家走狗，递手本，倒夜壶。安得冒托先圣后裔？”
孔有德大怒，打张同敞耳光；手下的卫士，有的揿张同敞颈椎骨，要他低头；有的用刀背敲张同敞膝骨，要他下跪。
瞿式耜看到这种暴行，遏制不住心头愤怒，挺身遮住张同敞大声说：”这是总督张同敞，是国家大臣，他和我一样抱定为国牺牲的决心，要死，我们一起死，不得无礼！”
孔有德乃止，复道：“我知公等孤忠，实不忍杀公等，公等何苦，今日降清，明日即封王拜爵，与我同似，还请三思。”
瞿式耜抗声道：“你是一个男子汉，既不能尽忠本朝，复不能自起逐鹿，？还得自夸荣耀么？本阁部累受国恩，位至三公，夙愿殚精竭力，扫清中原，今大志不就，自伤负国，虽死已晚，尚复何言。”
孔有德知道一时无法劝说，命令把两人囚禁在风洞山（今称叠彩山）临时监狱里。关在不同的房间，但允许二人互通消息，以图徐徐劝降。同时，他还派人送去精美食物，但都被两个人掀翻在地，斥为”猪狗食物”，直到送饭人换成了一个前明的礼部主事方才罢手。
瞿式耜在囚室里，孔有德仍然不止一次地派人劝降，都被拒绝。后来，孔有德降低了希望，提出只要二人剃发为僧即可免于一死，也被其严词拒绝。
瞿式耜被囚中他写了不少诗，期间与张同敞诗歌唱和，后来汇编为《浩气吟》，其中式耜的两句是这样写的：“莫笑老夫轻一死，汗青留取姓名香。”张同敞则回应：“衣冠不改生前制，名姓空留死后诗。”他把自己生死置之度外，却念念不忘国家的抗清大业。他写了一封密信给焦琏，告诉他清兵在桂林的虚实情况，要他迅速袭击桂林。恐怕因自己囚禁而焦琏有所顾虑，又叮嘱说：“事关中兴大计，不要考虑我个人得失。”这封信被巡逻兵搜获，献给孔有德，孔知道无法改变他报国的决心了。
十一月十六日这天的早晨，忽然有清兵开门，声称：“请瞿阁部、张大人议事。”二人自然知道是怎么一回事，于是瞿式耜神色不惊的对来人讲到：“稍等片刻，待我写完《绝命词》。”于是，瞿式耜提笔写道：“从容待死与城亡，千古忠臣自主张。三百年来恩泽久，头丝犹带满天香！”然后，二人整肃衣冠，向南行五拜三叩头之礼（辞帝之礼），置于几案诗稿之上，携手同步，出得门来。
瞿式耜二人行至桂林城北叠彩山，他眺望远处，目之所及，依旧满目风光，于是对刽子手说：“我生平最爱山水佳景，此地颇佳，可以去矣！”张同敞心情却是激荡万千，亦说道：“我听说忠臣孝子的德行会感动上天。”1650年（顺治七年、永历四年）农历闰十一月十七日两人在仙鹤岩（风洞山南），慷既就义。
瞿式耜、张同敞二人死后，已经出家为僧、法名性因的原明朝大臣，被瞿式耜营救下来的金堡出面安葬了二人。