清兵在嘉定三次屠屠城，造成了嘉定三屠的惨剧。直到勒克德浑命李成栋攻松江，方才罢手，率兵离城。
松江守将为沈犹龙，此时明松江府知府姚序之弃官去，华亭县知县张大年举城投降。而黄蜚被清军在常州击败后拥千艘约2万人从无锡取道太湖而来，与吴志葵合军，就在泖、淀一带结寨。日将暮，李成栋所率清军先遣部队已到松江城下，并让其伪装为黄蜚部下，诈称“黄总兵捉拿奸细来了！”
西门守军受其蒙骗，开门放入。城内预伏清军间谍，都伪装为黄蜚军士，到此大呼上城，拔去明军旗帜，换上清军旗帜，守军领时陷于混乱。李成栋率清军一拥而入，就势夺占松江府城，沈犹龙率军和清兵展开激烈巷战，于慌乱中中箭身亡。
松江既陷，李成栋复出师攻江阴，正在发兵，忽有清兵入报，黄蜚和吴志葵二人已被擒获。原来二人被马喇希恩格图分兵拼命追杀，连连战败，最终被擒。
李成栋却将二人带到了江阴，江阴典史阎应元，夙谙兵法，一意抗清。清将军勒克德浑，曾遣降将刘良佐攻打江阴。刘良佐作招降书一纸，从东城外射进。江阴军民公议后，回书拒绝。刘良佐见劝降无效，便四处捕杀城外义兵，企图断绝城内军民外援。
江阴形势日益严峻，当时所推选的抗清首领陈明遇虽忠肝义胆，却自感缺乏军事组织才能，于是想起了智勇双全的前典吏阎应元，想推荐阎应元代替自己领导守城，确遭到守备顾元泌的坚决反对。在之后的守城战斗中，顾元泌登城射敌，放出的箭每每射不到敌人就坠落在地，众人有所怀疑。其后，他又命令马矮子偷窃火药从城上投给敌人，众人便把顾元泌捉住，同往他住所搜查，果然找到一道清兵文书。于是处死了顾元泌及同犯四十人，从而断绝了清兵的内应。
陈明遇又请阎应元主持担负守城重任，众人一致赞同。阎应元立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人分班上城，每个城垛十名，按时换班。由武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，阎应元自任守北门。他和陈明遇、冯厚敦兼负昼夜巡查四门的责任。对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。为了解决军械粮饷供应，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。在阎应元的领导下，很快就做到了人尽其才，物尽其用，各方面的工作做得井井有条。
此时清兵攻打阎应元镇守的北门，城上矢石如雨注，清兵不敢接近。主帅刘良佐大怒，命令上将九员先驾云梯上城，城上以长枪刺之，上将五死四伤，有的身中三箭，有的被劈去头颅，有的堕下摔死，有的被火箭烧死。
清主帅刘良佐更怒，传令十营内选猛将几员，步军三万，扎云梯十张，来日分十处上城，如有退者立斩。次日，清兵仍攻北门，城外放炮呐喊，三万军造浮桥十条，一齐渡过外城河，分十处登云梯上城。阎应元指挥城上用砖石掷下，以长枪拒敌；一时间乱石纷飞，炮火连绵，双方死亡不计其数。有清将自恃勇猛，身着三层甲，腰悬两把刀，又背两把刀，手执双把刀，亲登云梯，跨上城垛，执刀乱砍。城上守军用棺木抵挡，以枪刺其身，竟不能入。有人喊道：“刺他的脸。”于是众人纷纷刺其面，一汤姓童子，持铁钩镰，用力钩断其喉管，竹匠姚迩割下他的头，满将身子堕落城下。清兵齐来抢尸，城上梆鼓齐鸣，砖石小箭如雨点，清兵又伤亡千余人。
刘良佐命令军士索那满将的头，阎应元不允。刘良佐愿意用银赎买，命人将银当面装入银鞘吊入城。又命军士于城下哀号：“还我将军的头！”阎应元让人以蒲包裹一黄狗头，掷还之，将满将的头悬在城上。刘良佐亲自带人在城下苦苦哀求，方把头扔下。清兵拿了头回去，与身缝合，挂孝三日。
阎应元击退了北城的攻击，但知道不日清兵必有更大规模的攻击。于是积极铸造守城工具，招青阳弩王黄鸣岗等千余人，入城造小弩千张、小箭数万枝，分派给守城军士。又用季从孝所合火药敷在箭头上射人，见血立死。弩长尺余，箭长五寸，百步之外，皆可命中目标。又从狱中放出陈瑞之子，令他制造火砖、木铳。火砖广三四寸许，着人即烧，木铳类银鞘，长三尺五寸、广二三寸，木制，中间藏有火药，敌人到来时，投下，机关暴发木壳崩裂，铁菱角飞出，触人即死。阎应元还亲自制造挝弩，用一块铁，边上造几个钩子，后面栓着棉绳，抛出勾住敌人，近前斩之。又模仿旧制，制造火球、火箭之类，无不精巧绝妙。所以清兵虽多，每每望城兴叹，战栗无人色。即使是清将也闻之胆落，每次攻城下来都要为幸免不死而大肆庆祝。
清兵攻城不利，又起劝降之念。刘良佐亲作劝民歌，希望江阴投降，阎应元不从。于是清兵在城下搭建牛皮帐篷，做好长期作战的准备。十五日，清兵攻东北城，刘良佐命西南放炮，东北掘城，皆用山爬攻城，城内以火球、火箭抵抗。清兵不敌欲退，良佐严令方止。阎应元继续命城内投下砖石，清兵不及闪避，数百人死于城下。良佐惭愧、惶恐。于是搭设三层牛皮帐，守而不攻。帐内有九梁八柱，矢石投在上面，都被反弹起来，不能进入。阎应元下令用人粪，掺上桐油，煎滚浇下，牛皮烫穿，浇在清兵身上，肉烂而死。没被烧着的清兵惊惶散去，城内用挝弩射向逃散的清兵，钩中者，即入城中袅首。清兵手足无措，纷纷逃散。
在坚守的同时，江阴向四方请求援助，海寇顾三麻子因敬慕阎应元的为人，率舟师来援，苦战三日后失败，扬帆远去。此外，义阳王来援，败于砂山；秀才金矿会集精勇四百余人来援，被刘良佐以铁骑三千截在周庄左右，全军俱没。外兵屡败，江阴沦为孤城。
即便如此，刘良佐心有余悸，不敢再攻城，只用火炮攻击北城，彻夜不息，城垛在炮火的轰击下塌陷数丈。阎应元命石匠砌墙，石匠危惧不前，阎应元言辞恳切，动之以情，石匠深受感动，于是冒死登城修葺城垛，使之牢固如初。
阎应元利用清军劝降之机，派城中老者，以奉送“降礼”为名，暗携火药进入清军营帐，炸死清军官兵两千余人。十七日夜，阎应元挑选勇士千人出南门劫营，或执板斧，或执短刀，或用扁担，突入敌营，伤千余人。及他营来救，应元兵已返回城中。此役之后，刘良佐再次后撤，扎营在十方庵。