萨尔浒战役除李如柏军撤走未遭惨重损失，明军共损失兵力约余人，战死将领300余人，丧失骡马余匹，损失枪炮火铳余支，元气大伤，后金军的胜利，不但使其政权更趋稳固，而且从此夺取了辽东战场的主动权。
此时万历帝已震怒，明廷御史弹劾杨镐，说他丧师误国，罪无可赦。朝命拿杨镐入京，令兵部侍郎熊廷弼代任经略。杨镐于崇祯二年（1629年）被处决。
之后，努尔哈赤又攻打开原，马林因逃还开原后，坚守不出；当年六月，后金军乘胜进攻，马林效死抵御，其后内无粮草，外无救兵，终被后金军攻破，马林最后在巷战中战死，开原失守后，努尔哈赤又智取了铁岭。使明朝在辽东地区失去了御守后金西去的屏障。
让我们来看看新上任的辽东经略熊廷弼，熊廷弼（1569年~1625年），字飞白，号芝冈，湖广江夏（今湖北省武汉市江夏区）人，万历二十六年，考中进士，起家保定推官，迁监察御史。万历三十六年（1608年），授右副都御史、巡按辽东，请求屯田。万历四十七年（1619年），萨尔浒之战后，出任兵部右侍郎、辽东经略。
熊廷弼还没有离开京城，开原就失守了，熊廷弼上书说：“辽左，是京城的肩背，河东，是辽镇的心腹，开原又是河东的根本。想保住辽东的话，开原一定不能放弃。我请求朝廷赶紧派遣将士，准备粮草，修造器械，不要节制我的费用，不要延误我的时限，不要用一般的规矩来使我沮丧，不要从旁阻挠来掣我的手肘，不要把艰危只给了我一个，大家不关于心，以至误了我朝。”奏章递上去以后，全部得到允准，明神宗并赐给尚方宝剑以加大他的权力。
等他出山海关，见难民纷纷逃来，停车细问，方知连铁岭都丢掉了，等他到达辽阳的时候，才发现仅存的沈阳和辽阳几乎是一座空城，他命令佥事韩原善前往安抚沈阳，韩原善害怕，不肯去。接着派佥事阎鸣泰去，阎鸣泰走到虎皮驿，大哭而返。廷弼于是亲往巡视。
他从辽阳出发，一路走，一路看，遇到逃跑的百姓，就劝他们回去，遇到逃跑的士兵，就收编他们，遇到逃跑的将领，就抓起来。就这样到沈阳的时候，他已经集结了上万平民、数千名士兵，入城后先劝告百姓一番，然后命人把逃将刘遇节、王捷、王文鼎斩首来祭奠死节的将士。把贪污的将领陈伦给宰了，并上书弹劾、罢免了总兵官李如桢，用李怀信替换了他。
随即又招集流亡，整肃军令，造战车，备火器，浚壕缮城，巩固守备。又冒雪出巡，至沈阳修城阅兵，并自制一篇痛哭淋漓的祭文，亲祭阵亡将士。随祭的军士，都感激涕零。
接着他上书明神宗进呈方略：“请召集军队十八万人分布在云阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江等战略要地，首尾呼应，小的战事各自拒敌防守，大敌来时则互相接应、援助。另外再挑选精兵悍将组织游击，乘机出动，攻掠敌人的零散兵马，扰乱他们的耕种和放牧，轮番出击，使敌人疲于奔命，然后瞅准机会进兵剿敌。”奏章递上后，明神宗听从了他的建议。自有此一番振作，辽沈得以渐固。